成吉思汗所在的蒙古孛儿只斤氏是从他的第十世祖孛端察儿开始兴盛的。《元史》追述蒙古部的族源，也正是始于此。 “孛端察儿”并非本名，而是一种尊称，汉语意为“胚胎”,相当于汉族人所说的“鼻祖”“始祖”。他的本名叫“蒙合黑”,因此，其全称是“孛端察儿蒙合黑”,即始祖蒙合黑。
由于他的后代所组成的孛儿只斤氏成为元朝皇族的姓氏，因此成吉思汗所在的黄金家族把孛端察儿奉为鼻祖。
据《元史·太祖纪》记载： “孛端察儿相貌奇异，沉默寡言，家人谓之痴。"人们都说他呆痴愚笨，可是他的母亲却非常了解自己的儿子，其看法与众不同，她常对人说： “我儿子可不傻不呆，说不定他的后代还会出大贵人呢。”
他的母亲去世后，他的兄长们没有遵守母亲的教诲，他们照样把孛端察儿看作傻子，不当亲兄弟看待。分家产时只分了四份，没有分给孛端察儿。但孛端察儿却毫不介意，说贫富贵贱是命中注定的，分不分家产没有什么了不起。于是他骑了一匹谁都不要的、背上长疮的秃尾黑脊青白马，沿着斡难河一直走到一个名叫马勒谆的小岛上，搭了个小草棚住了下来。
开始，孛端察儿没吃没喝，生活艰辛。后来，他忽然发现了一只正在捕捉鸟兽的苍鹰，于是他揪下几根马尾毛，做成一个套子，捉住了那只苍鹰，然后就认真地进行训练。从此以后，孛端察儿就臂架苍鹰，手拿弓箭，过起狩猎生活来了。
打猎，并不是旱涝保收的，有时打得多，有时打得少，有时可能接连几天打不到一只。当打不到猎物时，孛端察儿就偷偷地跟随被狼群包围在山脚、悬崖的野物，想法把它们射死、捉住，或者找来一些狼群吃剩的动物，与那只苍鹰一起享用，艰苦度日。
春天到了，成群的野鸭飞到河边，飞到小岛。孛端察儿故意饿着那只苍鹰，让它尽可能多地捕捉野鸭。他一个人吃不了那么多鸭肉，就把那些剩余的野鸭挂在树枝上。慢慢的，树上挂满了鸭肉，天气一热，枯树发出一股腥臭气味，在很远的地方就能闻到。
这时，有几十家兀良哈百姓沿着统格黎克溪迁徙到这一带生活。孛端察儿有了邻居，他与这些百姓互相帮助，白天到他们那里喝点儿马乳，夜里回到草棚休息，日子过得也算有滋有味。那些百姓曾向他索取那只苍鹰，孛端察儿与那只苍鹰相依为命，当然不肯拱手相送。
几个月过去了，孛端察儿的一个哥哥突然良心发现，心想弟弟走时没拿什么东西，是不是已经冻饿而死了。于是就沿着斡难河来寻找孛端察儿。在兀良哈人的指引下，终于找到了孛端察儿住的地方。
兄弟二人告别兀良哈人，调转马头向家中走去。孛端察儿骑在那匹青白马上，走在哥哥后面，边走边说： “身体应该有脑袋，衣服应该有衣领。”他哥哥不知他在说什么，没有理睬他。
走了一段路后，孛端察儿又将那句话重复了两遍，他哥哥这才转过身来问道： “你在说什么呀?我怎么听不明白呢?”孛端察儿回答说： “刚才统格黎克河边那一群百姓，没有头领管束他们。我们可以把他们掳走，成为他们的头领。”
他哥哥一听来了兴趣，就了解了这群百姓的情况，认为孛端察儿的主意还不错，说： “既然这样，到家后，咱弟兄们商量一下，再来掳他们。”他们边走边想办法，到家以后，马上把兄弟几人找来，又从本族中选择了一批壮丁，让孛端察儿做前锋去虏获那群百姓，很快就全部降服了兀良哈人。从此他们兄弟五人既有了奴隶，又有了马群、家资。那几十家兀良哈人变成了他们的部落奴隶，孛端察儿等人则变成了贵族。
在抢掠兀良哈人时，孛端察儿乘机给自己抢了一个老婆，她名叫阿当罕，是兀良哈族札儿赤兀惕部人，当时已经怀孕五六个月了。到孛端察儿家后，没有几个月就生了一个男孩，孛端察儿认为这个男孩是“札惕亦儿坚”,即札儿赤兀惕百姓的后代，是外族血统的人，起名为“札只刺歹”,后来这个男孩的子孙就组成了蒙古·札答兰氏(蒙古史上著名的札木合就是他的后代)。
过了几年，阿当罕又生了一个男孩，名叫“巴阿里歹”,他的子孙组成了巴阿林氏。
“孛端察儿又娶了个妻”,算是他的正式夫人。她生了个儿子，名叫“合必赤把阿秃儿”,他的子孙才继承了“孛儿只斤”这个姓氏。《元史》称其为“八林昔黑剌秃合必畜”,也就是成吉思汗的九世祖。
六世祖
孛端察儿死后又过了两代，蒙古族进入土敦蔑年时期。《秘史》将其称为“蔑年土敦” ,这是一个重要的时期。据《史集》说蒙古皇族的金字谱牒，正是从土敦蔑年起，蒙古的各代祖先才有了一个专门的称呼。土敦蔑年被称为“都塔浑”(都答洪)。他是成吉思汗的八世祖。土敦蔑年的妻子名叫莫孥伦，她生了七个儿子。 “他的儿子们，娶了各地、各部落的姑娘为妻后，便按照习惯上的女婿权利，从一个部落去到另一个部落。”
土敦蔑年死后，生产和家务都由莫孥伦指挥。莫孥伦拥有巨额的财富，已经成为一个大奴隶主。每隔几天，她就要吩咐将畜群赶在一起。她的牲畜多到无法计算，当她坐在山头上，看到从她所坐的山顶上直到山麓大河边满是牲畜，遍地畜蹄时，她便喊道： “牲畜全聚拢来!”——要不然她就命人去找畜群。
据《元史》记载，莫孥伦是一个性烈如火、残忍无情的人。当时答儿列斤部的札剌亦儿人在怯绿连河北面游牧。他们人数众多，环车为营，每营一千车，共七十营，蒙语称为“七十古列延”,即七万帐幕。他们自以为人多兵强，对契丹族的辽朝发动战争，与辽军隔河相望。他们认为辽军无法渡过怯绿连河，便嘲笑地挥舞着帽子和袖子，向辽军喊叫着： “来抢走我们的牲畜吧!”辽军用枯枝、干枝当夜筑成了一道堤坝，渡过了河，将札剌亦儿部落众多的儿童全部杀光；并且把他们的家具什物和牲畜洗劫一空，只有七十个帐幕的札剌亦儿人得以幸免。
他们带着妻子儿女迁徙到莫孥伦的牧地，由于他们饥饿已极，只好挖一些草根来充饥，不小心掘乱了莫孥伦的儿子们驯马的地方。莫孥伦乘车外出，见此情景勃然大怒，说： “你们为什么要乱掘一气，掘坏了我的儿子们驯马的地方!"一边叫骂，一边赶着马车飞快地冲了过去，许多札剌亦儿幼童被辗伤了，还有几个小孩当场毙命。札刺亦儿人忍无可忍，抢走了莫孥伦的马群。莫孥伦的儿子们听说马群被抢走了，顾不上披甲穿戴，立刻骑马去追赶。札剌亦儿人知道，莫孥伦诸子每一个都通过婚娶与某一部落结亲，他们的亲戚很多，札剌亦儿人害怕不能从他们那里安全脱身。于是一不做，二不休，索性杀死了莫孥伦的六个儿子，并乘胜反攻，又杀了莫孥伦和她的一家老小。只有一个长孙海都被乳母藏在乱木堆中，才死里逃生。
当时，第七个儿子纳真正好不在家，幸免于难。因他兄长的一匹黄马还没有被赶走，于是纳真伪装成牧马人去探听札剌亦人的动向。他首先杀死了“臂鹰而猎”的札刺亦父子二人，抢回了他家的一只猎鹰。然后又来到一座山下，看见有几百匹马，正是自己家的马群。 “牧者唯童子数人，方击髀石为戏。”纳真于是登山四顾，悄无来人，尽杀童子，驱马臂鹰而还，取海都并病妪，归八剌忽之地，与那十几个女奴一起带着海都逃到了贝加尔湖附近的巴刺忽部。
海都长大以后，纳真率领巴剌忽儿、怯谷一带的百姓，拥立海都做首领。海都率军进攻札剌亦儿部，札剌亦儿人战败，被迫充当了海都的部落奴隶。从此，海都势力逐步恢复发展， “列营帐于八剌合黑河上，跨河为梁，以便往来。”这个渡口被称为“海都之渡”。周围一些部落纷纷归附海都。
蒙古孛儿只斤氏渡过一次难关，亡而复兴，反而由弱变强了。有些史学家将海都称为蒙古历史上的第一位可汗，这显然是后人追赠的。
海都是成吉思汗的六世祖，蒙古人称为“不兀迪”。他生了三个儿子，都是有福之人和命运的宠儿。长子名叫伯升豁儿，成吉思汗的世系即出于他。次子名叫察剌合领昆；幼子名叫抄真，他的后裔形成了赫儿帖干、昔只兀惕两个部落。伯升豁儿是成吉思汗的五世祖，蒙古人称为“不迭兀古兀”(不塔兀阔儿)。由于伯升豁儿早死，察剌合被推举为部落首领。
当时，蒙古各个氏族逐步联合在一起，开始单独组成一个部落，并已恢复了斡难河源头和不儿罕山的故地，与辽朝邻近。
因为蒙古百姓不懂“领昆”一词的意义，所以他们说成了察剌合领昆。“大异密”即大官，辽朝正式任命察剌合为部族官，称为“令稳”,汉语“令公”之意，蒙语转音为“领忽” (领昆),这就是“察剌合领忽”的来历。他的儿子名叫必勒格，后被辽朝任命为大部族官——详稳，蒙语称为“想昆必勒格”。这件事表明当时蒙古部落的力量已相当强大，蒙古部的首领已成为辽朝的“朝廷命官”。
察剌合领忽的子孙组成了蒙古泰赤乌氏，成为人数众多的部落，一些尊贵君主的氏族出自这些部落。他们拥有无数军队。从他们每个氏族中都产生过特殊的异密和领袖，所有这些部落彼此间同心协力。在每个时代，他们都从自己人中间推选出君主或汗，服从于他，蒙古部的几个可汗和首领就出自泰赤乌氏。后来，泰赤乌氏又成为成吉思汗的劲敌。
海都第三子抄真的后代组成了六个部落，即斡罗纳儿、晃豁坛、阿鲁剌惕、雪你惕、合卜合儿合思、格泥格思(这也是与成吉思汗血缘关系较近的孛儿只斤氏的氏族)。
海都的叔父纳真率领一部分百姓在斡难河流域游牧，形成了蒙古部的另外几个氏族，其中以勇敢善战著称于世的兀鲁兀惕，忙忽惕氏就是他的子孙。
据《秘史》记载，莫孥伦的六个儿子虽然死于札刺亦儿人之手，但他们并没有断子绝孙，而是分别留下了自己的后代，并逐步发展成有一定势力的氏族部落。估计当时保存族外婚的遗俗，莫孥伦的六个儿媳都住在母家部落。因此她们的儿子仍然可以安然无恙，长大成人。如那牙勤氏、巴鲁剌思氏、不答安氏、阿答儿斤氏等，就是这六个死难者的后人，他们在成吉思汗的事业上也占有一定地位。
三世祖
伯升豁儿的儿子名叫屯必乃，由于他聪明有才能、贤德，族人称他为“薛禅”。他是成吉思汗的四世祖，即高祖，蒙人称为“不都秃”。他有九个聪明、能干、勇敢的儿子，每一个后来都是有声望的分支和部落的始祖；这些部落每一个有三万车帐，男女人数达到十万人。屯必乃与泰赤乌氏联合在一起，逐步形成另一支强大的势力集团。他的子孙继承了从孛端察儿至海都的姓氏，仍称为蒙古孛儿只斤氏。
屯必乃的第六个儿子即合不勒可汗，他是成吉思汗的第三世祖，汉族称为曾祖。合不勒汗统一了蒙古族各部，被推举为蒙古族的第一任可汗，管辖着全部蒙古百姓。正如《蒙兀儿史记》所说： “合不勒可汗威望甚盛，部众归心。想昆必勒格卒后，合不勒代领其众，并辖蒙兀全部。于时始有可汗之号。”金朝曾封其为国王，合不勒汗拒而不受，自称太祖元明皇帝。
合不勒汗所在的家族被称为蒙古乞颜氏。乞颜本是蒙古的始祖，后来氏族分支众多，每一支都另有名称，这个古老的名称便消失了。由于合不勒可汗的家族全是勇士，出了一些著名的人物和国王，因此“乞牙惕”又重新成为他们的名号。合不勒汗有七个儿子，长子的子孙组成乞颜主儿乞氏；次子的子孙组成乞颜孛儿只斤氏，这就是成吉思汗所在的氏族。从此，成吉思汗所在的黄金家族成为世袭蒙古汗权的主要家族之一，氏族社会实行的部落首领推举制开始向汗权世袭制过渡。
合不勒称汗时，女真族的金朝已经统治了中国北方。当时正是金熙宗完颜亶在位的时候，南宋高宗赵构绍兴年间。蒙古草原处于金国的统治之下，金国对草原各部实行“招怀降附、征讨携离”的又打又拉的政策。这种“招讨司”既是对这些少数民族进行掠夺的机构，也是对这些少数民族进行战争的机构，它的任务是“统隶”和“捍御”这些少数民族。蒙古族立国称汗，这不能不引起金朝统治者的注意。
金熙宗闻其名，想在双方之间开辟一条团结友好的大道，便派了些使者去邀请合不勒汗。合不勒汗欣然前往，金人盛情款待，端来了各式各样美味的食物和可口的饮料。合不勒汗听说金人诡计多端，害怕食物中有毒，每当宴会时，他常说出去放松一下，不时走到外面，来来回回地走动，因为天气炎热，所以他沉到水里，仿佛是为了解除暑热。在水下潜伏着，将吃下的东西全部吐出，然后再到阿勒坛汗(金帝)处，照常吃了许多食物，喝了许多酒。金朝君臣见合不勒汗饭量、酒量如此之大，都十分惊奇。
有一次，合不勒汗稍微大意，饮酒过量，喝得酩酊大醉，居然忘记了金朝的礼仪，拍着巴掌跳起蒙古舞来，跳完后还摸着金熙宗的胡子又笑又叫。在金朝的臣子们看来这简直是大不敬的行为，应该斩首。但金熙宗是一个有头脑、能克制自己的君主，他知道合不勒汗有部落和属民，如果为了这么点小事将他杀死，以后他的长幼宗亲就会起来造反，为合不勒汗报仇，他们之间的纷争和敌对关系将会长期绵延。因此，他把合不勒汗的举动当作开玩笑和友好的嬉闹，压下了怒火，宽恕了合不勒汗。接着，他命人从国库里取来许多金子、宝石和衣服赐予合不勒汗。这些东西堆在一起，有他的身材那么高，极其尊敬和彬彬有礼地将合不勒汗送走。
合不勒汗走后，金朝的谋臣策士们纷纷跑到熙宗面前建言献策，他们说不该忽视他的举动，将他放走。若纵此人，且为边患。金熙宗改变了原来的想法，马上派出使者，追上了合不勒汗，命令他返回金朝。合不勒汗预感到来者不善，拒绝返回。金熙宗再一次派出使者，到三河源头去请他入朝。合不勒汗躲藏起来，拒不与金使者见面。金使者无计可施，只好先回朝复命，但在半路上却与合不勒汗巧遇，不由分说把他绑架入朝。在路上，经过合不勒汗结义兄弟撒勒只兀台的住处，撒勒只兀台了解了事情的原委后，偷偷地对合不勒汗说： “毫无疑问，把你叫回去不会有什么好事，他们是要谋害你的。”于是赠予他一匹好马，让他找机会逃跑。夜间，合不勒汗想乘机逃走，但金国的使者却早已有所防备，用绳子捆住了他的双脚。有一天，他终于找到了机会，便放开缰绳，赶着马疾驰而去。一直跑到家为止，金使没能追上他。
金使随后疾驰而来，合不勒汗躲进一个儿媳的帐幕，当时儿子们不在，他召集儿媳和仆役们说： “我将你们聘娶过来，供养这些仆役和家仆，是要你们大家在这种生死关头与我一条心。我们要杀掉这些使者。如果你们不干，我就杀死你们。当金人来攻打我时，我就活不成了，但我要先除掉你们。常言说得好，大家在一起，就是死有什么可怕的!”于是大家根据合不勒汗的布置，杀死了那些金朝使者。
金使被杀的消息传到金朝，金熙宗立刻派胡沙虎率领大军讨伐蒙古。合不勒汗避开金军锋芒，诱敌深入，胡沙虎粮尽撤军，合不勒汗乘机追袭，在海岭一带大败金军。这一年正是南宋绍兴七年，金天会十五年(1137)。当时金熙宗已上台三年，但尚未改元，仍用金太宗完颜晟年号。从此，金朝与蒙古结下了几代冤仇。
当时，草原各部之间也不断发生战争，克烈部与塔塔儿部、蔑儿乞部与克烈部、乃蛮部与克烈部之间已经互相攻略了几十年。正是合不勒汗在世时曾经发生的一个意外的事故，导致了蒙古部与塔塔儿部结下了不解之冤仇。
合不勒汗的妻子是弘吉剌部人，她为合不勒汗生了七个儿子。有一年，合不勒汗的妻兄赛因的斤患了病。为了治疗赛因的斤的病，请塔塔儿人派来一个名叫察儿乞勒讷都亦的珊蛮。蒙古草原各部人相信一种原始的宗教——萨满教，珊蛮就相当于汉族的巫医。他们自称能与鬼神对话，能治病去邪，其实都是自欺欺人，骗取财物。轻病不治自愈，算是他们的功劳；重病医治无效，说成是鬼神的意志。当时赛因的斤上了年纪，又病入膏肓，塔塔儿珊蛮没有起死回生之术，眼看着病人一命归天了。弘吉剌人悲痛之余，一口咬定赛因的斤是被珊蛮害死的，不承认他是什么鬼神的代表，一怒之下就把珊蛮毒打了一顿，不久又把他杀死了。
塔塔儿部当然不肯善罢甘休，立即大兴复仇之师，对弘吉剌部进行讨伐。弘吉剌部是一个文明程度较高，但武力却比较弱的部落，它抵挡不住塔塔儿部的强大攻势，只好向蒙古部求救。
合不勒汗的儿子们是赛因的斤的外甥，为舅舅出力自然是责无旁贷，于是卷入了与塔塔儿部的战争。他们全是把阿秃儿、战士和勇士，他们中没有一个人会在拥有大量辎重的大军面前逃跑，没有一个敌人能够抵抗他们。其第三子合丹，是蒙古部著名的勇士，两次与塔塔儿部的君主蔑帖儿作战，第一次剌伤了蔑帖儿，第二次就结果了他的性命。塔塔儿的军队变成了蒙古人的虏获物。从此，蒙古部与塔塔儿部结下了世代冤仇，复仇战争连续进行了几代。
俺巴孩汗
合不勒汗(可汗)之后，遵合不勒汗遗言，虽有其七子，却令想昆必勒格之子俺巴孩合罕统领全蒙古。拥立泰赤乌部的俺巴孩为全蒙古的可汗。大概是为了缓和与塔塔儿部的关系，俺巴孩汗去到了塔塔儿诸部落，想为自己挑选一个姑娘为妻子。塔塔儿人感到受了侮辱——为什么这样的方式来娶我们的姑娘呢?!他们将他连同几个那可儿一起抓了起来。由于塔塔儿人知道金皇帝曾受辱于合不勒汗，因为合不勒汗杀死过他的使者和亲兵，金帝对蒙古人怀有恶念，对他们的仇恨已深印于金帝心中，而塔塔儿人正在他的统治之下听命于他，他们便把俺巴孩汗送给了金帝。
由此可知，由于塔塔儿部与蒙古的仇恨已经很深，因此他们根本不愿与俺巴孩结什么“秦晋之好”,而是必欲置之死地而后快。当时金朝采取了联合塔塔儿对付蒙古的政策，塔塔儿人把捉到的蒙古首领送到金朝，这不仅是借刀杀人，同时也是向主子表功。
金朝皇帝为了向蒙古人报杀使之仇，于是根据惩治叛部法令用铁钉将俺巴孩汗钉到木驴上。俺巴孩汗说道： “是别人捉住了我，又不是你们；你们这样厚颜无耻地对待我，既不体面，也不值得夸奖，是很不高尚的。蒙古诸部全都是我的亲属，他们将要竭力为我向你复仇，你的国土将因此不得安宁。毫无疑问，他们将起来为我向你们讨还血债，因此，你杀死我是很不明智的!"俺巴孩汗虽然面临着死亡的威胁，但仍然临危不惧，视死如归。他不仅嘲笑金熙宗“厚颜无耻”,而且公开申明要向金朝“讨还血债”。金熙宗作为一个大国的皇帝当然也不甘示弱，当场放走了俺巴孩汗的一个亲兵，让他去向蒙古人报信。这个亲兵临行前，俺巴孩汗还对他说： “你去找合不勒汗的七个儿子中的忽图刺，还有我的十个儿子中的合答安太子，对他们说： ‘将五个指甲磨尽，就是坏了十个指头，也要给我报仇。’”磨光指甲，握拳决斗，这是蒙古人誓师的意思。俺巴孩汗临死前由这位亲兵向自己的子弟转达了誓师伐金的满腔仇恨。
一个勇敢而诚实的草原英雄就这样死去了，而他最后的呐喊，震撼了金国首都的上空，随着天上的白云飘到了草原，飘到了蒙古人世代居住的营地，激荡着俺巴孩的子子孙孙投入复仇的战争。
为被杀害的首领或部民报仇雪恨，是蒙古部人义不容辞的责任。因此，当俺巴孩汗遇害的消息传到他们那里时，合丹太师、秃带和也速该同各部落和人数众多的蒙古兀鲁思一起，召开了出兵为俺巴孩汗报仇血恨的会议。他们拥戴忽图剌登上了汗位，将全部军队交给他统辖。忽图剌是合不勒汗的第五个儿子，是个英雄豪杰。忽图剌汗首先率军进攻塔塔儿人，双方进行了十三次战争。杀得难解难分，但蒙古人并没有捉住暗害俺巴孩汗的凶手。相反，在一次战争中，合不勒汗的长子、主儿乞氏的祖先斡勤巴儿合黑又被塔塔儿人俘获，塔塔儿人又把他送到金朝，钉在木驴上处死了。
南宋高宗绍兴十七年，金熙宗皇统七年(1147),在合不勒汗战胜金军的十年之后，忽图剌可汗终于亲率蒙古军队攻入金朝的边界。金军受到突然袭击，吃了一个大败仗。蒙古人抢掠了大量财物、人口，撤回三河源头。
当时，金兀术出任金朝的都元帅，而诸部族事务亦由元帅府管辖，于是金兀术率兵讨伐蒙古，双方仍然兵连不解，金人被迫议和而退，割西平河北二十七团寨给蒙古，每年还送给蒙古一定数量的牛羊米豆。南侵中原，不可一世的金兀术，居然对付不了蒙古部的忽图剌可汗，可见忽图剌的兵势之强已非同小可。
正因为这样，蒙古部与金朝的矛盾一直很尖锐，金朝对其防范的措施也相当残酷。不仅每隔三五年即出兵征讨或强行迁徙，而且还用“去其拇指”的惨无人道的手段残害其青壮年男子，目的是为解除其“难制之状”。
到了金世宗大定年间，成吉思汗出生前后，形势变得更为严峻。这时蒙古部的忽图剌可汗已经去世，蒙古部没有推举出合适的人选继承汗位，汗统中绝，力量大为削弱。金世宗乘机加重了对蒙古部的屠杀与压迫。摧毁了蒙古族第一个具规模的王国，同时给蒙古部民造成了极大的灾难：不少蒙古青年被杀死，蒙古儿童被掠卖为奴，在以后成吉思汗的大臣中也确实有人曾被掳掠到金朝。在这种情况下，金朝还强迫蒙古部每年向他们进贡，将贡品亲自送到边疆，而又不准其入境。这种残酷的民族屠杀、民族掠夺政策怎能不使蒙古人怨入骨髓呢?蒙古草原各族人民痛恨金朝的民族压迫政策，各部族的统治者也要求解除这种压迫。正是这种民族压迫和几代冤仇导致了草原内外的长期征战，才使“一代天骄”应运而生。
